年幼的爱力克兄弟十分思念去世的母亲，不惜触犯炼金术中最大的禁忌，进行了人体炼成。可是炼成失败了，哥哥爱德华失去了左腿与右臂，弟弟阿尔冯斯失去了肉体，只能把灵魂附身在一副铠甲上。为了偿还他们自己的罪，找回失去的一切，兄弟二人踏上了寻找传说中的“贤者之石”的旅程。几年后，一位右臂与左腿都是由“机械铠甲”替代的国家炼金术士出…

19世纪末，汹涌澎湃的大时代，头脑灵光的科学少年让（日高のり子 音）带着自己发明的飞机参加巴黎万国博览会。在这个浪漫之都，情窦初开的少年邂逅了拥有者异国风情的神秘女孩娜蒂娅（鷹森淑乃 音）。她是某马戏团的招牌明星，渴望结识这名女孩的让，却意外卷入了一场惊险刺激的追逐战。一切始于娜蒂娅所佩戴的蓝宝石，这里面似乎隐藏着莫大的秘…

来自西卡利耶拉的女钢琴师.利用亲善义演机会来日本委托城市猎人猎鹰寻找亲生父亲。却意外地卷入一项可怕的情报战当中，却也因此遇上她一心想找到的父亲，没想到父亲就是地方的情报员，然而她最想知道的是父亲当年离开母亲的原因，最后阿獠及阿香给了她及父亲想要的答案.......

随着陨石降落在地球上，被称为妖魔的外星人开始在地球上肆意破坏。在美加洛市科学家美摩莉.吉恩，福里兹和基尔霸.梅休为对付妖魔而开始研究高科技武器。此期间，美摩莉的弟弟的雷米尼斯.吉恩在实验中因意外死亡。而基尔霸则露出真面目：他其实是妖魔的领袖！美摩莉几乎被杀死，幸好被福里兹所救。外壳电波和声波武器研制成功，对抗妖魔的基地也…