星历41153.7，星际联邦第五艘命名为企业号（USS Enterprise，NCC-1701-D），同时也是最先进的星舰正式入役，首任舰长为备受尊重的让-卢克·皮卡德上校，企业号接到的第一项命令是前往新设立的远点地面站调查交易情况。然而，企业号在前往远点站的过程中被一个自称Q的超维度生命体拦了下来，指控船上的所有类人生物都还野蛮、未开化，没有资格在…

穆德（David Duchovny 大卫•杜楚尼 饰）被外星反叛者劫持，而斯科莉（Gillian Anderson 吉莲•安德森 饰）亦同时发现自己怀有身孕。穆德的办公室被搜查，斯科莉请求Skinner（Mitch Pileggi 饰）帮助寻找搭档，孤枪侠...

Doggett不顾众人的阻拦坚持调查，他开始着手调查一个环保署职员死亡的案件。

Setinthe24thcenturyanddecadesaftertheadventuresoftheoriginalcrewofthestarshipEnterprise,thisnewseriesisthelong-awaitedsuccessortotheoriginal"StarTrek"(1966).UnderthecommandofCaptainJean-LucPicard,theallnewEnterpriseNCC1701-Dtravelsouttodistantplanetstoseekoutnewlifeandtoboldlygowherenoonehasgonebefore.

Doggett不顾众人的阻拦坚持调查，他开始着手调查一个环保署职员死亡的案件。

穆德（David Duchovny 大卫•杜楚尼 饰）被外星反叛者劫持，而斯科莉（Gillian Anderson 吉莲•安德森 饰）亦同时发现自己怀有身孕。穆德的办公室被搜查，斯科莉请求Skinner（Mitch Pileggi 饰）帮助寻找搭档，孤枪侠也参与进来。FBI高层则派出探员约翰•多格特（Robert Patrick 罗伯特•帕特立克 饰）协助调查，但两个人的初次会面不欢…

Mulder在医院被Fowley监管着。他想办法请来了Skinner和Kritschgau来帮忙，他们了解到Mulder拥有了CIA一直在研究的读心术。Scully在象牙海岸寻找治愈Mulder的办法。Mulder的病情加重了。

继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操…

在电影FTF里出现的变种alien从一个基因技术研究公司的员工肚子里钻出来逃跑了。Mulder和Scully找到了Gibson，他带Mulder去找那个alien。Scully证明出Gibson可能是外星人（所有人类都可能是）。X档案现在由Spender和Fowley主管。Gibson最后又不见了。

美国FBI探员福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）童年时曾经历一起离奇神秘的绑架案，他的妹妹萨曼莎在睡梦中被外星人劫持，至今下落不明。从此穆德便专注于神秘事件的研究，并专门负责FBI总部的X档案部门。因穆德行事乖张，难以驾驭。FBI高层从联邦调查局学院调来女性探员黛娜·斯科莉（吉莲·安德森 Gillian Anderso…