穆德（David Duchovny 大卫•杜楚尼 饰）被外星反叛者劫持，而斯科莉（Gillian Anderson 吉莲•安德森 饰）亦同时发现自己怀有身孕。穆德的办公室被搜查，斯科莉请求Skinner（Mitch Pileggi 饰）帮助寻找搭档，孤枪侠...

Doggett不顾众人的阻拦坚持调查，他开始着手调查一个环保署职员死亡的案件。

联邦调查局助理局长沃尔特·斯金纳（Walter Skinner）是一起凶杀案的主要嫌疑人，这起凶杀案涉及一名与他同在当晚的妇女。 Mulder 和 Scully 是他证明自己清白的唯一条件，因为上级官员试图阻止他，唯一的线索是一位神秘的老妇人。

某日国会议员麦特森（Raymond J. Barry 饰）向穆德透露一条消息，称在波多黎各接收到外星人的电讯。为了在特种部队之前找到外星人的证据，穆德只身前往。得知消息的斯科莉赶到穆德住处，从电脑中的旅客名单中找到线索，尾随来到波多黎各。

在被送上电椅之后，连环杀手利用电能再度回魂人间，这次他带着复仇之火直扑向乔纳森——大学橄榄球队明星——正是他将连环杀手交给了警方。于是，小镇再次笼罩在血雨腥风之中……

第二季中沃克明白自己的生命正处于危险之中，于是走近詹姆斯队长，后者向他透露了米奇为何转入地下。当戴维森回家时，阿贝林很紧张，因为这两个家庭有着动荡的历史

随着X档案的关闭，福克斯·穆德和丹娜·斯科莉被迫调任处理一些平常的案件。某天，美国得州达拉斯市发生一起爆炸案。爆炸还是夺取了4名无辜者的性命。事后不久，穆德便得知4名牺牲者早在爆炸之前便已死亡，所谓爆炸案不过是某个神秘部门为了掩盖证据而实施的骗局。该部门据说多年来一直从事外星人的研究，并且他们的研究足以导致人类的毁灭。两…

Doggett不顾众人的阻拦坚持调查，他开始着手调查一个环保署职员死亡的案件。

X档案关闭后，穆德（David Duchovny 大卫•杜楚尼 饰）和斯科莉（Gillian Anderson 吉莲•安德森 饰）被分开。穆德受命执行监听工作，斯科莉则回到学院读书。 某日国会议员麦特森（Raymond J. Barry 饰）向穆德透露一条消息，称在波多黎各接收到外星人的电讯。为了在特种部队之前找到外星人的证据，穆德只身前往。得知消息的斯科莉赶到穆德住处…

穆德（David Duchovny 大卫•杜楚尼 饰）被外星反叛者劫持，而斯科莉（Gillian Anderson 吉莲•安德森 饰）亦同时发现自己怀有身孕。穆德的办公室被搜查，斯科莉请求Skinner（Mitch Pileggi 饰）帮助寻找搭档，孤枪侠也参与进来。FBI高层则派出探员约翰•多格特（Robert Patrick 罗伯特•帕特立克 饰）协助调查，但两个人的初次会面不欢…