成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。

戎崎裕一（铃村健一 配音）是一位平凡的十七岁少年，在十七年的漫长人生中，并没有发生什么特别值得记录的事情，然而，就在这一年，裕一却因为感染了甲型肝炎而住进了医院。在医院中，裕一结识了外刚内柔的护士谷崎亚希子（小平有希 配音）和医术高明认真负责的一生夏目吾郎...

 她年纪轻轻就被推上了皇位，而她在朝中的名声极差——不学无术，强抢民男，她也是太傅眼中的扶不起的阿斗。色厉内荏，为帝时，表面上看起来有气势，实际上容易一秒怂，内心戏很多，喜欢吐槽。看起来荒淫无度，实际上内心纯洁，仅仅是喜好美男。不爱学习不用功，于治国上没兴趣，喜好玩乐，所以后来被人设计，流落民间，被男主所救，努力假…