因为一块布丁，野原新之助和妹妹向日葵激烈争吵，身为哥哥他自然受到爸爸广志和妈妈美伢的训斥。小新恼羞成怒，扬言“不要当哥哥！不要妹妹了！”就在此刻，一胖一瘦两个绿衣人出现，声称愿意将小葵收养，以向日葵公主的身份展开新的生活。一道刺眼强光过后，签订了协议的野原一家被吸入UFO，开始了吉凶未卜的宇宙旅行。 　　从向日葵星国王口中…

小新一家还有风间，妮妮，正男，阿呆一起报名动感超人周年纪念南海之旅，就在动感超人电影的船上首映会上，突然出现了一群粗暴的猴子将大人们都掳走了。春日部防卫队为了救出大人们而出动，小新一行人冒险渡海到南海上的一座荒岛希望可以查出发生了什么事，但本应在船上小葵和小白竟突然出现，小新还发现另一辆古怪的船......

从快乐桑巴舞的节奏出来的神秘一模一样人企图“世界桑巴舞曲化计划”，为了拯救春日部而站起来，小新的勇气将活跃的溢出。 松阪老师有一天决定在游乐会上跳桑巴舞，但是吉永老师却对此反感。在吉永绿回家的路上，她遇到一个怪人，然后第二天，吉永绿变了，她居然能够变得能和小新谈“非常长的粪便”这个话题……然后小爱也变了，居然对正男温柔…

这天在小新居住的春日部附近，突然新开了一家叫“20世纪博”的游乐园。游乐园里到处播放着从前20世纪的旧的电视节目和电影，这里，一切都是从前时光的回放。每一个到了这里的大人，都沉浸在过去的旧时光里，而对小孩子来说，这些的东西一点意思都没有。令小新万万想不到的是，进入了游乐园的爸爸妈妈都不在理会其他事情，只是一直沉醉在以往的时…

未来人歇鲁跑到日本的战国时代改变了历史，时空巡逻队铃可发现了异状，正预备前往，没想到在时光隧道中遭受到攻击，不小心掉进二十世纪的小新家。铃可借由小白向野原一家求救，于是野原一家踏上时光之旅回到战国时代。遇见了吹雪丸的他们，与他一同前往云黑城，打倒化身为云黑斋改变历史的坏蛋歇鲁，没想到的是歇鲁居然躲过攻击，还逃到了二十世…

向日葵幼稚园带着一切的幼稚园小朋友到新开幕的奇特乐园玩，只是小新竟然在后来没跟着大家走，单独走进了尚未对外开张的马戏团，在这里遇到了童话故事中的木偶多佩玛，邪恶的同性恋双魔，还有他的手下。坏人们为了争取超级无敌凶猛的扑克牌，展开了一场理想与魔幻世界的追逐，最后连广志与美冴都被同性恋双魔的手下抓走了，为了救回爸爸妈妈，小…

动感超人的动感石头被泳装魔王抢走了，因而无法回到原来的世界，于是指派小新一家人成为动感战士前往另一个世界，这时另一个世界的人纷纷被变成泳装人，小新听了莉莉和博士的说明后，决定协助动感超人克服危机，他和动感超人能打败魔王挽救地球的和平吗...

污垢达人正计划将整个地球变成一个大温泉，政府的秘密组织温泉G组为了阻止他们的野心，到处寻找黄金之魂温泉，希望借温泉的神力打倒坏蛋。没想到黄金之魂温泉居然就在小新家的地底下，就这样他们一家人卷入了守护温泉的正邪之战，最后因为小新一家人同心协力，终于打倒了污垢达人，拯救世界和平。

延续一贯幽默搞笑的风格，蜡笔小新电影版将继续带给观众欢笑。黑暗珠珠大追击这一集中小新在河边无意间捡到一颗弹珠，看它很闪亮，於是就捡回家里；没想到弹珠被小葵吞进肚子里。这下糟了，原来这颗弹珠是珠由良族与珠黄泉族在争夺的魔人贾克珠珠，珠黄泉族的首领玉王想要利用贾克的魔力征服世界。就这样，小新一家人卷入两族人的争夺战中，小葵…

双叶幼稚园的老师们带园童小新等去坐游船，但是愉快晚餐时间，竟然有个穿紧身衣的女子爬上游船。原来她是秘密组织SML的成员，SML是个维护世界和平的组织，他们为了要阻止邪恶的组织“猪蹄组”征服世界，于是派她潜入该邪恶组织，偷取执行计划的核心元件。不过，她却在逃亡的途中，无意间上了小新一行人搭乘的游船，使得小新他们也被卷入正邪的对…