将施奈德回老家之后，四只原本亲如兄弟的神龟由于没有了敌人，于是不再想以往一样一起战斗，而是各自在喜欢的领域内钻研，以往一起行动的忍者神龟们变成了四个独来独往的“独行侠”！这时，纽约市中发生一连窜的怪事。原来实业家马克西米林安•J•威特斯意图征服纽约市，秘密培养了一支远古怪兽组成的军队，加上恶名昭彰的忍者组织Foot Clan…

步入知天命之年的Vagn过着独身生活，偶尔与一群类似的老男人一起踢足球。在去瑞典参加比赛的途中，Vagn不幸地被他的队友们遗弃在了加油站。在这里他遇见了小混混约翰，两人结伴踏上了寻找Vagn的队友们的旅程。

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