影片讲述的是小企鹅在南极极端环境中勇敢对抗风雪和天敌，努力长大的故事对于12年前《帝企鹅日记》中刚刚开启“鹅生”的小企鹅而言，如今的它们已经成为了爸爸妈妈，来自海洋的神秘召唤促使它们踏上旅程，继续着这片南极大陆上的传奇。

本片讲述的是南极帝企鹅族群孕育新生命的故事：企鹅爸爸和企鹅妈妈从相遇到相爱之后生下企鹅蛋，再到它们把企鹅蛋放在肚皮与脚之间孵出企鹅宝宝，小企鹅的生命历程就这样开始了。在小企鹅没长大之前，严寒、冰川裂缝以及强壮的海燕都可能危及它们脆弱的生命，它们得要努力地长大才行。一旦它们长大了，父母就会离开小企鹅，让它们独自面对未知的…