1997年，超级电脑炼金之星预测到地球将会破坏招来体所消灭。得知此事后人类用炼金之星的研究技术组成一个全球防御组织GUARD，而XIG则是GUARD的战斗力量。

摩斯拉不断挑战怪兽，使水库决堤成功的将怪兽逼到了对岸，但是摩斯拉拼尽了全力最终沉入了海底。在这之后，幼虫在屋久島充分吸收了森林的能量新的摩斯拉再次诞生了。于此同时怪兽也已经重新恢复到毁灭地球时的完 全状态，新的摩斯拉与怪兽再次交战，他以压倒性的力量和优势再次将怪兽封印到了地下。此后，摩斯拉让被怪 兽烧掉的已成荒芜的北海道…

本片以长崎作为本片的拍摄背景。透过四个孩子的眼睛，记录了麻麻获旅居美国七十年的兄长邀请前往夏威夷，以圆兄妹团聚的美梦。然而麻麻的亡夫多年前被原子弹炸死，这事令麻麻梗梗于怀，迟迟未答应前往相聚，藉著美日混血的侄儿到访，一场缠绕四十多年的 仇恨，终于得到解结。全片清新怡人， 笑中有泪。