太一等人因为狮子兽的死产生了动摇，而光子郎则提议找出缅因猫兽被感染的真相。但作为缅因猫兽主人的芽心却想不到为何缅因猫兽会被感染。为了防止其他数码宝贝被感染，光子郎在办公室建立了隔离区，然而巴达兽却已经出现了被感染的征兆……此时，数码宝贝们告知了大家一个有关数码宝贝世界的重大秘密。面对秘密的真相以及再度出现的缅因猫兽，太…

帅气的上班族天草亮，某天被一位名叫有马一花的女高中生相救，回家后发现这个女孩居然是自己妹妹的好友。为此感动的亮，开始对一花展开直接猛烈的追求，而他轻浮的个性却频频引起一花的反感，对于这一连串的求爱行动毫不留情的吐槽。一花原以为亮是个女人关系复杂的轻浮男，相处后却渐渐发现，亮其实也有温柔与专情的一面。

舞台是16世纪初的佛罗伦萨。在这座绘画及雕刻繁盛的都市，出生于贵族家庭的少女阿尔蒂，从懂事起就热衷于画画。阿尔蒂怀着总有一天要成为画家的梦想而生活，但当时的主流却认为“女性从事画家职业”并不是一件好事。就这样，阿尔蒂被迫作出人生最大的决断……

故事發生在被選召的孩子們首次接觸數碼世界的6年後。2005年的一天，東京港區海面上的波浪在朝陽下搖曳……17歲的高中生八神太一，如常地用手按停眼前的鬧鐘，踢開混亂的被鋪，低聲滴咕下伸展四肢。拉開了窗簾，光線照到桌上一幅「那一天」的集體照上。隨後他在「一路順風，哥哥」的送別聲下，騎上腳踏車出門，奔向那片初夏的青空……現在，冒險…

奥尔法兽事件过后，随着时间流逝，御台场地区也渐渐复兴著。“回到日本之后，我就决定一定要去大大的澡堂泡澡！”因为美美这句话，加上为了欢迎新加入的伙伴芽心和缅因猫兽，大家前往附近的温泉主题公园。虽然度过了一段开心的时光，但是这儿并没有阿丈的身影。面对高考临近的事实，他在高考和“被选召的孩子们”的使命之间产生了烦恼。“为什么…

U. C.0097时期，“拉普拉斯事变”的纷争终结后，2架独角兽高达被秘密封印，新吉翁残党“袖章”也随之瓦解。就在人类逐渐走出战争带来的阴影之时，失踪两年的独角兽三号机“凤凰”突然现身，拥有颠覆世界秩序力量的它即刻引发了地球联邦军、吉翁袖章残党以及路欧商会三方势力的争夺狩猎，一场宇宙对决也即将拉开帷幕