曾经盛极一时的日本忍者因强迫解散消失无踪。而事实上，忍者至今依旧暗中存在，人数据说多达20万人。部分精锐忍者在国家级的对抗中负责执行秘密任务，相当活跃。不过另一方面，下级忍者却是经常拿不到工作，其中之一的云隐九郎也一样，过着宛如尼特族般的生活...

椿是女忍者茜组的优等生。一直与男忍者分开上课的女忍者们，自小就没见过男人。那是因为长久以来，茜组有个规定：禁止与男人交流，因为男人都是危险的生物！ 老师们的禁令反而激发了她们对男人的好奇心。某次执行任务时，椿阴差阳错地见到了一个疑似男人的身影，明知不能违反规定，但内心这股小鹿乱撞的感觉又是怎么回事呢

十多年前一只拥有巨大威力的妖兽“九尾妖狐”袭击了木叶忍者村，当时的第四代火影拼尽全力，以自己的生命为代价将“九尾妖狐”封印在了刚出生的鸣人身上。木叶村终于恢复了平静，但村民们却把鸣人当成像“九尾妖狐”那样的怪物看待，所有人都疏远他。鸣人自小就孤苦无依，一晃十多年过去了，少年鸣人考入了木叶村的忍者学校，结识了好朋友佐助和…

四个情同手足的乌龟少年一直生活在人类城市隐秘的下水管道中，他们渴望成为这个城市的英雄，被人接受。在人类朋友爱普莉尔的帮助下，四位忍者神龟开始追踪一个神秘的犯罪集团，但随着一支强大变种生物军队的降临，同样属于变种生物的忍者神龟们知道，这下大麻烦来了……

随着和平的到来而走向近代化的木叶忍者村。高楼林立，巨大显示屏中播放出影像，连结各区域的电车在村里奔驰。虽说是忍者村，但一般民众也增多，忍者的生存方式也在逐渐改变的这个时代——村子的领袖，第七代火影·漩涡鸣人的儿子慕留人，进入了培育忍者的学校“忍者学校”。周围的学生们带着“火影的儿子”这样偏见的目光看待慕留人，但慕留人凭…

故事描述一个叫屁祖隐的女人带着5岁的少年来到野原广志和美冴的家里，告诉他们自己是广志和美冴的5岁儿子新之助的亲生母亲。二人留宿的当晚，野原家遭到神秘忍者集团的袭击。新之助被绑架了。屁祖隐家是忍者的故乡，世代守护着地球的能量“宁特鲁”的家族。于是，地球的存亡就交给了新之助的忍法。

2044年的纽约，大反派朗格勾结外星恶势力试图毁灭地球，大量外星人通过神秘传送门入侵，将城市化为灰烬。忍者神龟们虽负隅顽抗仍不敌敌人攻势，死伤惨重。怀抱着忍者最强武器——希望，忍者神龟们决定回到过去时空，找到开启传送门的钥匙，阻止朗格，恢复世界和平。李奥纳多的弟子凯西肩负起这一使命，他在过去时空与女记者艾普利尔·奥尼尔成功…

韦斯利和乔吉这对好朋友以及他们的蠢萌猫咪助手脆脆化身忍者，进入一个奇妙世界，一次次化解难题、转危为安。

　　随着和平的到来而走向近代化的木叶忍者村。高楼林立，巨大显示屏中播放出影像，连结各区域的电车在村里奔驰。虽说是忍者村，但一般民众也增多，忍者的生存方式也在逐渐改变的这个时代

该剧改编自横关大的同名小说，是一部各自怀有秘密的忍者夫妇的爱情喜剧。本为敌对关系的“忍者后裔”的一对男女在不知道彼此的真实身份的情况下结了婚，在隐瞒真实身份的生活中发生了各种各样的事件。